La Colección ha colaborado en diferentes proyectos de investigación financiados, y en convenios de investigación con instituciones de enseñanza, investigación e industria en diversos estudios relacionados en el campo de la biotecnología:
Determinación de los parámetros físico-químicos y biológicos que intervienen en la eficiencia de los métodos de conservación de microorganismos.
Estudios de las sucesiones microbianas e identificación de los integrantes de los consorcios de importancia en estudios de suelo, agua, alimentos, bebidas fermentadas, etc.
Aislamiento de microorganismos autóctonos con alguna actividad específica (médica, biotecnológica, etc.).
Sistemática y Taxonomía de Microorganismos: estudios morfológicos, fisiológicos y moleculares.